La crisis de vocaciones y la edad avanzada de los frailes franciscanos ha provocado la reestructuración de la orden, que es la que, de alguna manera, va a provocar que los que se encuentran en el convento de Jerez lo abandonen el próximo día 1 de septiembre y se abra una incertidumbre sobre cuál va a ser el futuro más inmediato de este convento franciscano que es sitio de guía espiritual en pleno centro de nuestra ciudad un día y otro. En principio todo son dudas, ya que el superior de la Orden en Jerez, fray Sixto Burgos, desconoce aún su propio destino ni cómo se va a asumir el tema del convento de Jerez . Ya ha habido una primera reunión con las distintas asociaciones que conviven en el centro franciscano, pero aún se debe celebrar alguna reunión más, posiblemente en el mes de agosto, donde definitivamente se informe cómo va a ser, a partir de septiembre, la vida del convento sin los frailes franciscanos en el mismo. Lo que parece claro es que el convento no se va a cerrar en absoluto y que va a seguir teniendo vida.  En este sentido, todas las miradas para que se haga cargo del convento se centran en la Hermandad de las Cinco Llagas.  En el caso de que, como ha ocurrido en otras iglesias, se le pida a la Hermandad que asuma el control del convento, “tienen claro que estarán a disposición de la Orden 
Hay que recordar que, en estos momentos, en San Francisco hay misas diarias, ya que la iglesia es un referente espiritual, junto a la Plaza de Abastos, y es muy visitada por las mañanas.  El reto de mantenerla abierta durante la jornada de la mañana también es algo que está en la mente del hermano mayor de Las Cinco Llagas, así como la apertura del convento los miércoles, ya que “ es el día en que se realiza la habitual visita a San Judas y son muchísimas las personas que acuden”.
  Hay otras dependencias que no son las propias del convento, sino la casa donde están las celdas de los frailes, las dependencias y también donde se ubican las otras asociaciones que están en el convento. En este sentido, el director de Proyecto Hombre, Luis Bononato, ha indicado a este medio que “están barajando la opción de quedarse con dos plantas para establecer sus servicios administrativos que ahora mismo se encuentran disgregados en dos locales de la ciudad”.